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Review papers

2024

• "Coupling and uncoupling growth and product formation for producing chemicals"
  Yoshihiro Toya, Hiroshi Shimizu
  Current Opinion in Biotechnology 87, 101133 (2024).

  • URL

2023

• "光を利用したバイオプロセスの開発に関する研究"
  戸谷 吉博
  生物工学会誌 101, 2, 54-60 (2023).

  • URL

2022

• "発酵生産プロセスにおけるDX：データ駆動型のリジン発酵自律制御システムの開発"
  徳山 健斗, 清水 浩
  バイオサイエンスとインダストリー 80, 1, 26-30 (2022).
• "データサイエンス駆動型リジン発酵プロセス予測モデリング"
  徳山 健斗, 下平 祥貴, 寺脇 貴弘, 楠瀬 泰弘, 中井 裕章, 辻 雄一郎, 戸谷 吉博, 松田 史生, 清水 浩
  生物工学会誌 100, 2, 80 (2022).
• "バイオによるものづくりに貢献する機械学習・深層学習技術"
  徳山 健斗, 清水 浩
  化学工学会誌 86, 4, 161-164 (2022).
• "多様な光に適応する藍藻のシステムバイオロジー"
  清水 浩, 戸谷 吉博
  生物物理 62, 4, 104-109 (2022).

2021

• "フラックス解析のいろいろ"
  戸谷 吉博
  生物工学会誌 99, 1, 36 (2021).
• "Recent advances in metabolic engineering-integration of in silico design and experimental analysis of metabolic pathways"
  Hiroshi Shimizu, Yoshihiro Toya
  Journal of Bioscience and Bioengineering 132, 5, 429-436 (2021).
• "バイオプロセス運転の最適化と自動化"
  清水 浩
  生物工学会誌 99, 538-542 (2021).

2020

• "シアノバクテリア由来の光応答スイッチの大腸菌代謝工学への利用"
  戸谷 吉博
  生物工学会誌 98, 11, 608-610 (2020).
• "Flux controlling technology for central carbon metabolism for efficient microbial bio-production"
  Yoshihiro Toya, Hiroshi Shimizu
  Current Opinion in Biotechnology 64, 169-174 (2020).
• "光照射により代謝フラックスをコントロールする技術の開発"
  戸谷 吉博, 清水 浩
  バイオサイエンスとインダストリー 78, 1, 30-31 (2020).

2019

• "計算機工学に基づく代謝設計とその有効性の実証に関する研究"
  清水 浩
  生物工学誌 97, 1, 13-20 (2019).
• "代謝工学におけるバイオインフォマティクスの利用"
  戸谷 吉博, 松田 史生
  生物工学誌 97, 5, 261-264 (2019).

2018

• "Editorial overview: Recent progress in analytical technologies for design-build-test-learn cycle in biotechnology"
  Hiroshi Shimizu, Fumio Matsuda
  Current Opinion in Biotechnology 54, 145-147 (2018).

2017

• "Learning from quantitative data to understand central carbon metabolism"
  Fumio Matsuda, Yoshihiro Toya, Hiroshi Shimizu
  Biotechnology Advances 35, 8, 971-980 (2017).

2016

• "Recent advances in amino acid production by microbial cells"
  Takashi Hirasawa, Hiroshi Shimizu
  Current Opinion in Biotechnology 42, 133-146 (2016).
• "計算機シミュレーションを利用した代謝デザイン技術－有用物質生産の効率化を目的とした代謝経路の改変"
  戸谷 吉博
  化学と生物 (2016).

2015

• "代謝デザインと13C同位体標識を用いた代謝フラックス解析の物質生産への応用"
  清水 浩, 松田 史生, 戸谷 吉博
  化学と生物 53, 7, 455-461 (2015).

2014

• "代謝シミュレーションによる細胞内代謝のデザインと工学的応用"
  松田 史生, 吉川 勝徳, 清水 浩
  生物工学会誌 92, 11, 593-597 (2014).

2013

• "Flux analysis and metabolomics for systematic metabolic engineering of microorganisms"
  Toya Yoshihiro, Shimizu Hiroshi
  Biotechnology Advances 31, 6, 818-826 (2013).
• "生命現象の数理表現と生命システムデザイン"
  清水 浩
  生物工学会誌 91, 12, 712-716 (2013).

2012

• "光合成微生物システムバイオロジー"
  吉川 勝徳, 古澤 力, 平沢 敬, 清水 浩
  生物工学会誌 90, 10, 627-628 (2012).
• "Differential importance of trehalose accumulation in Saccharomyces cerevisiae in response to various environmental stresses (出芽酵母における複数の環境ストレスに対するトレハロース蓄積の効果の差異)"
  Siraje Arif Mahmud, 平沢敬, 清水浩
  生物工学会誌 90, 2, 80 (2012).
• "代謝工学の創成と発展、-代謝解析とオミクス研究との融合"
  清水 浩, 古澤 力, 平沢 敬, 吉川 勝徳, 小野 直亮, 戸谷 吉博, 白井 智量
  生物工学会誌 90, 10, 619-620 (2012).

2011

• "Metabolic flux analysis and visualization"
  Yoshihiro Toya, Nobuaki Kono, Kazuharu Arakawa, Masaru Tomita
  Journal of Proteome Research 10, 8, 3313-3323. (2011).

2010

• "Development of a Prediction System for Metabolic Fluxes based on Genome Information"
  Yohei Shinfuku, Natee Sorpitiporn, Masahiro Sono, Takashi Hirasawa, Chikara Furusawa, Hiroshi Shimizu
  ソフトウエアバイオロジー 9, 18-21 (2010).
• "Saccharomyces cerevisiae and DNA microarray analyses: what did we learn from it for a better understanding and exploitation of yeast biotechnology"
  Takashi Hirasawa, Chikara Furusawa, Hiroshi Shimizu
  Applied Microbiology and Biotechnology 87, 2, 391-400 (2010).

2009

• "乳酸生産能を付与した酵母の網羅的遺伝子発現情報に基づいた生産性向上のための育種"
  平沢 敬, 大久保 亜紀, 吉川 勝徳, 古澤 力, 清水 浩
  ソフトウエアバイオロジー 8, 54-61 (2009).

2008

• "ガスクロマトグラフ-質量分析計によるコリネ型細菌の精密な代謝フラックス解析と核磁気共鳴を用いた解析結果の検証"
  白井 智量, 松崎 匡浩, 葛本 雅宣, 永久 圭介, 古澤 力, 塩谷 捨明, 清水 浩
  生物工学会誌 86, 1, 14 (2008).
• "ビール醸造におけるアルコール濃度と揮発性成分の同時制御法,"
  小林 倫子, 清水 浩, 塩谷 捨明
  ソフトウエアバイオロジー 7, 44-47 (2008).
• "バイオ情報を基盤とする有用生物創製の時代を拓く代謝情報工学"
  清水 浩, 古澤 力, 平沢 敬
  バイオサイエンスとインダストリー 66, 8, 426-432 (2008).
• "Beer Volatile Compounds and Their Application to Low-Malt Beer Fermentation"
  Michiko Kobayashi, Hiroshi Shimizu, Suteaki Shioya
  Journal of Bioscience and Bioengineering 106, 4, 317-323 (2008).
• "微生物代謝のシステムバイオロジー ―オミックス解析からシミュレーションへ―"
  戸谷吉博, 石井伸佳, 冨田勝
  バイオインダストリー 25, 44-51 (2008).

2007

• "バイオ情報工学の展開"
  清水 浩
  ソフトウエアバイオロジー 6, 3月7日 (2007).

2006

• "情報科学を基盤とする有用生物創製にむけて"
  清水 浩, 平沢 敬, 永久 圭介, 古澤 力, 片倉 啓雄, 塩谷 捨明
  ソフトウェアバイオロジー 5, 39-42 (2006).
• "Downregulation of pyruvate kinase gene (pyk) in a glutamate producing Corynebacterium glutamicum strain"
  Navaporn Posayapisit, Keisuke Nagahisa, Hiroshi Shimizu
  Report of The 1st UNESCO Postgraduate Inter-University Course in Biotechnology, 2004-2005, 139-149 (2006).

2005

• "Dynamic Behavior of Cell Distribution in Continuous Culture of Escherichia coli"
  Tadashi Yamada, Kohei Maeoka, Akiko Kashiwagi, Keisuke Nagahisa, Chikara Furusawa, Suteaki Shioya, Tetsuya Yomo, Hiroshi Shimizu
  ソフトウェアバイオロジー 4, 31-36 (2005).
• "Analysis of Metabolic Flow Control in Glutamate Production by Coryneform Bacteria"
  Tomokazu Shirai, Masanori Kuzumoto, Takashi Hirasawa, Yoshio Katakura, Keisuke Nagahisa, Chikara Furusawa, Suteaki Shioya, Hiroshi Shimizu
  ソフトウェアバイオロジー 4, 24-30 (2005).
• "Metabolic Pathway Modification Based on DNA Microarray Data in the Yeast Saccharomyces cerevisiae"
  Takashi Hirasawa, Yuki Nakakura, Zhao Hui, Keisuke Nagahisa, Chikara Furusawa, Yoshio Katakura, Suteaki Shioya, Hiroshi Shimizu
  ソフトウェアバイオロジー 4, 16-23 (2005).
• "DNA microarray analysis with an integrating method of self-organizing map and hierarchical clustering."
  Katsunori Yoshikawa, Gaurav Pandey, Takashi Hirasawa, Yoshio Katakura, Keisuke Nagahisa, Chikara Furusawa, Suteaki Shioya, Hiroshi Shimizu
  ソフトウェアバイオロジー 4, 12月15日 (2005).
• "Proteome analysis on adaptation of yeast cells to a high osmotic pressure stress"
  Keisuke Nagahisa, Kazuyuki Yamada, Yuki Nakakura, Takashi Hirasawa, Yoshio Katakura, Suteaki Shioya, Hiroshi Shimizu
  ソフトウェアバイオロジー 4, 7月11日 (2005).
• "Analysis of Complex Bionetworks and Creation of Industrially Useful Organisms based on Bioinformatic Data"
  Hiroshi Shimizu
  ソフトウェアバイオロジー 4, 2月6日 (2005).
• "バイオインフォマティクスデータを統合する代謝情報工学"
  清水 浩
  生産と技術 57, 2, 55-58 (2005).
• "生分解性高分子ポリヒドロキシアルカノエート生産菌の代謝モデル構築"
  清水 浩
  長瀬科学技術財団研究報告書 16, 99-104 (2005).

2004

• "乳酸菌と酵母の共培養による有用物質生産"
  塩谷 捨明, Benjamas Cheirsilp, 江川 直, Agustin K. Wardani, 永久 圭介, 夛田 志緒里, 片倉 啓雄, 清水 浩
  生物工学会誌 82, 9, 438-439 (2004).
• "8.4 生物情報"
  清水 浩
  化学工学年鑑2004 (2004).

2003

• "Interactions between Lactobacillus kefiranofaciens and Saccharomyces cerevisiae in mixed culture for kefiran production"
  Benjamas Cheirsilp, Hirofumi Shoji, Hiroshi Shimizu, Suteaki Shioya
  Journal of Bioscience and Bioengineering 96, 3, 279-284 (2003).
• "Clustering gene expression pattern and extracting relationship in gene network based on artificial neural networks"
  Jihua Huang, Hiroshi Shimizu, Suteaki Shioya
  Journal of Bioscience and Bioengineering 96, 5, 421-428 (2003).