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微生物の培養

清水研究室では大腸菌、酵母、シアノバクテリアなどの微生物を培養しています。ジャーファーメンター、LED装置付きのバイオリアクター、吸光度・蛍光をモニタリング可能なプレートリーダー、実験室進化実験を行うための増殖状況の自動測定機能付き培養装置などを所有しています。

バイオリアクター (Able-Biott) 細胞の代謝状態を詳細に解析するには、ジャーファーメンターを利用して培養環境を一定に保ち、細胞を培養することが重要です。培養液中のpHの制御、溶存酸素濃度や排ガスのモニタリングを行うことができます。	LED装置付きバイオリアクター(Able-Biott) 光合成微生物を培養するためのリアクターです。LED光源からの光を当てながら細胞を培養することができます。
プレートリーダー（BioTek）吸光度・蛍光をモニタリング可能なプレートリーダーです。96ウェルプレートを使って、細胞を培養しながら増殖や蛍光のタイムコースを計測できます。	小型培養装置　（Advantec）濁度をモニタリング可能な小型の培養装置です。実験室進化実験に用います。

代謝フラックス解析

細胞内の代謝のフローを調べる代謝フラックス解析を行うためには、細胞を13C安定同位体で標識した炭素源で培養し、代謝物質がどのように13C標識されたか計測します。清水研究室ではガスクロマトグラフ質量分析器(GC/MS)やLC-MS/MSを利用して分析を行っています。また、培養液中の糖や代謝物、アルコールの濃度を測定することも必要です。清水研究室では高速液体クロマトグラフ(HPLC)や超高速液体クロマトグラフ(UPLC)、ガスクロマトグラフ(GC/FID)、バイオアナライザを利用して分析しています。

GC/MS (Shimadzu) 代謝物の同位体標識を分析することができます。	HPLC (Shimadzu) 培養液中の糖や代謝物を分析することができます。
UPLC (Waters) 培養液中のアミノ酸を分析することができます。	LGC/FID (Agilent) 培養液中のアルコールなど揮発性の代謝物を分析することができます。
バイオアナライザ BF5 (王子計測) 酵素センサーにより培養液中の糖や代謝物を分析することができます。