Research

（Bachelor）Metabolic engineering of artificial non-oxidative-glycolysis dependent Escherichia coli based on in silico design

（Master）Functional evaluation of non-oxidative glycolysis in Escherichia coli and its application to useful chemical productions

（Doctor）Metabolic pathway engineering for butyrolactam production in Escherichia coli harboring the non-oxidative glycolysis

(1) Publications

1. Kawai, R., Toya, Y., Miyoshi, K., Murakami, M., Niide, T., Horinouchi, T., Maeda, T., Shibai, A., Furusawa, C., Shimizu, H. “Acceleration of target production in co‐culture by enhancing intermediate consumption through adaptive laboratory evolution”, Biotechnology and Bioengineering, 119(3), pp936-945, (2022).
   
2. Miyoshi, K., Kawai, R., Niide, T., Toya, Y., Shimizu, H. "Functional evaluation of non-oxidative glycolysis in Escherichia coli in the stationary phase under microaerobic conditions", Journal of Bioscience and Bioengineering, 135(4), pp291-297, (2023).
   （2024年度（第32回）生物工学論文賞）

(2) Conferences

1. 三吉 健太、川井 隆太郎、堀之内 貴明、戸谷 吉博、清水 浩、“in silico代謝デザインに基づく非酸化的解糖系依存の大腸菌株の創出”、日本農芸化学会2020年度大会、3A09a08、福岡（オンライン）、2020年3月（口頭発表）
2. 三吉 健太、川井 隆太郎、堀之内 貴明、前田 智也、古澤 力、戸谷 吉博、清水 浩、“実験室進化実験による大腸菌の非酸化的解糖経路のフラックス増強”、化学工学会 第51回秋季大会、PB261、岩手（オンライン）、2020年9月（ポスター発表）
3. 三吉 健太、五十里 翔吾、藤原 万櫻、鬼塚 真、“日本における特許被引用数の時間減衰モデルの開発と実証:集団記憶のbi-exponential modelを応用して”、研究報告マルチメディア通信と分散処理（DPS）、2021-DPS-188(3)、pp1-8、2021年9月（口頭発表）
4. 戸谷 吉博、川井 隆太郎、三吉 健太、村上 茉奈美、一色 衣香、堀之内 貴明、前田 智也、古澤 力、清水 浩、“代謝シミュレーションと指向性進化に基づく有用物質生産微生物の開発”、化学工学会 第52回秋季大会、L0827B、オンライン、2021年9月（口頭発表）
5. 三吉 健太、川井 隆太郎、二井手 哲平、戸谷 吉博、清水 浩、“大腸菌生体内における非酸化的解糖系経路の代謝フラックスの評価”、第73回日本生物工学会大会、G2H5-210、オンライン、2021年10月（口頭発表）
6. 三吉 健太、川井 隆太郎、二井手 哲平、戸谷 吉博、清水 浩、“大腸菌における非酸化的解糖系の機能評価と有用物質生産への応用可能性の検討”、化学工学会 第87年会、PA156、神戸（オンライン）、2022年3月（ポスター発表）
7. 村上 茉奈美、川井 隆太郎、三吉 健太、芝井 厚、前田 智也、堀之内 貴明、古澤 力、戸谷 吉博、清水 浩、“異なる炭素源を消費する2 種類の大腸菌株を用いた共培養によるイソプレノール生産”、第74回日本生物工学会大会、4C01-02、オンライン、2022年10月（口頭発表）
8. 三吉 健太、一色 衣香、二井手 哲平、戸谷 吉博、清水 浩、“非酸化的解糖経路の有望な目的化合物の検討とin silico代謝デザイン”、第74回日本生物工学会大会、4C01-09、オンライン、2022年10月（口頭発表）
9. 三吉 健太、二井手 哲平、戸谷 吉博、清水 浩、“エレメンタリーモード解析による非酸化的解糖経路を導入したブチロラクタム生産大腸菌の代謝デザイン”、 化学工学会第88年会、PB235、東京、2023年3月（ポスター発表）
10. 戸谷 吉博、三吉 健太、川本 優一、芝井 厚、古澤 力、清水 浩、“モデルベース指向性進化による中枢代謝の各経路における律速の解放”、化学工学会第88年会、J121、東京、2023年3月（口頭発表）
11. Miyoshi, K., Kawai, R., Niide, T., Toya, Y., Shimizu, H., “Metabolic design of butyrolactam-producing Escherichia coli introducing non-oxidative glycolysis by elementary mode analysis”, Metabolic Engineering 15, 662245, Singapore, June 2023, Poster
12. 三吉 健太、一色 衣香、二井手 哲平、戸谷 吉博、清水 浩、“非酸化的解糖経路を導入した大腸菌によるブチロラクタム生産のための代謝経路改変”、第75回日本生物工学会大会、1Ip06、名古屋大学、2023年9月（口頭発表）
13. 三吉 健太、川井 隆太郎、二井手 哲平、戸谷 吉博、清水 浩、“大腸菌における非酸化的解糖経路の機能評価と物質生産への応用可能性の検討”、2024年度生物工学若手研究者の集い（若手会）夏のセミナー2024、ハイランドふらの、2024年7月（ポスター発表）
    （学生企画敢闘賞）
14. Miyoshi, K., Imada, T., Teraki, H., Niide, T., Toya, Y., Shimizu, H., “Investigation of ¹³C-labeled glucose suitable for metabolic flux analysis of non-oxidative glycolysis in Escherichia coli”, Society for Industry and Microbiology and Biotechnology, M1, Boston, August 2024, Poster
15. 三吉 健太、今田 辰海、寺木 遥、二井手 哲平、戸谷 吉博、清水 浩、“大腸菌における非酸化的解糖経路フラックス評価のための¹³Cグルコース標識方法”、第76回日本生物工学会、1Dp08、東工大、2024年9月（口頭発表）
16. 寺木 遥、今田 辰海、三吉 健太、二井手 哲平、清水 浩、戸谷 吉博、”同位体標識を利用した大腸菌における逆グリオキシル酸経路の機能評価”、第76回日本生物工学会、1Dp09、東工大、2024年9月（口頭発表）
17. 三吉 健太、一色 衣香、二井手 哲平、戸谷 吉博、清水 浩、“共基質利用時における非酸化的解糖経路を導入した大腸菌によるブチロラクタム生産の評価”、化学工学会第55回秋季大会、YA171、北大、2024年9月（ポスター発表）
    （上田奨励賞、バイオ部会優秀ポスター賞）

Other activities

・Graduate Program for Advanced Interdisciplinary Studies「Biomedical Informatics」（2020.4～2021.3）

・Graduate Program for Advanced Interdisciplinary Studies「Biomedical Studies」（2020.4～2021.3）

・Humanware Innovation Program Enrollments in 2021.4

・Graduate Program for Advanced Interdisciplinary Studies「Medical Device Design」（2021.4～2022.3）

・分野横断イノベーションを創造する情報人材育成フェローシップ（2022.4～2024.3）

・5th Sumitomo Chemical Scholarship for Information-Communication Technology Professionals（2023.4～）

・University of Illinois Urbana-Champaign Visiting Scholar（2023.9～2023.11）

・JSPS Research Fellowship for Young Scientists（DC2）（2024.4～）